免疫組化原理很簡單，蘇木素染色法也是常用的一種染色方法。木素染色後的細胞核呈現藍色，細胞漿呈現粉紅色或紅色。染色液也可以重複使用，直至認為效果不佳時再換用新的染色液。
免疫組化內質呈淡藍黑色，外質收縮，剩下部分不著色或色澤更淺。圓形細胞核呈藍黑色。居中的核仁呈黑色小圓點。核膜較薄，其內側緣均勻，整齊地排列著一層細小的染色質粒。核仁與核膜之間可見到核網。被吞噬的紅細胞呈藍黑色采用蘇木素染色液進行免疫染色後的複染，操作步驟簡便，操作時間短。可以操作步驟簡便，操作時間短或培養細胞的染色，或與免疫組織化學、免疫細胞化學、免疫熒光、原位雜交等配合使用。使用蘇木素染色液染色後還可以進行免疫染色或其它染料的複染。
目前免疫組化技術應用於臨床主要有以下幾個方麵：
1、腫瘤良惡性的判斷：對於反應性增生還是腫瘤性增生，可用免疫球蛋白(Ig)的輕鏈抗體檢測B淋巴細胞增生的單克隆或多克隆性來區別。
2、確定腫瘤分期：腫瘤分期是判斷預後的一個指標，與是否浸潤、有無淋巴管或血管侵襲密切相關，判斷腫瘤是否浸潤、有無淋巴管或血管侵襲。
3、細胞屬性的判定：通過特定抗體標記出細胞內相應的抗原成分，來判定細胞的屬性，確定腫瘤的來源。
4、確定來源不明的轉移瘤的原發部位：對於來源不明的轉移瘤，用該技術有助於確定惡性腫瘤的組織學來源，進一步確定原發部位。
5、對“未分化”惡性腫瘤的分類：未分化惡性腫瘤包括癌或肉瘤，在HE切片上由於腫瘤的“未分化”而缺少腫瘤細胞的起源特征不能分類，初步區分組織學類型用非特異性抗體，在其基礎上再選用特異性抗體做進一步鑒定。
6、進一步分類不同器官與組織交界處腫瘤：由於重疊的特征，在一些組織器官交界處的腫瘤，僅憑組織學基礎對腫瘤進行分類很困難。如發生於組織交界處的腫瘤有睾丸胚胎癌與精原細胞癌，兩者較難區別，且治療與預後顯著不同，但用免疫組化檢測角蛋白就較易於區別：角蛋白陰性則為精原細胞癌，而角蛋白陽性則為胚胎癌。
7、及時準確的發現微小轉移灶：在常規組織切片中，辨別單個或幾個轉移性腫瘤細胞很難，淋巴結內竇性組織細胞增生與某些癌的早期轉移有時也不易區別，而采用免疫組化方法，有助於及時準確的發現微小(癌)轉移灶。
