實時熒光定量聚合酶鏈式反應(PCR)指的是在PCR進行的同時,對其過程進行監測的能力(即實時)。因此,數據可在PCR擴增過程中,而非PCR結束之後,進行收集。這為基於PCR的DNA和RNA定量方法帶來了革命性的變革。在
熒光定量PCR(qPCR)中,反應以循環中檢測到目標擴增的時間點為特征,而非在一定循環數後目標分子累計的擴增量。目標核酸的起始拷貝數越高,則會越快觀察到熒光的顯著增加。相反,終點法檢測(也稱“讀板檢測”)測量的是PCR循環結束時累計的PCR產物量。
熒光定量PCR將PCR擴增和檢測合並為單一步驟。這樣就無需使用凝膠電泳進行產物檢測,更重要的是這一方法是真正定量的。在熒光定量PCR中,熒光染料被用來在熱循環中標記PCR產物。熒光定量PCR儀器在反應的對數期測定熒光信號的積累,獲得快速的PCR產物定量以及客觀的數據分析。
熒光定量PCR分析常見術語:
擴增子:PCR過程而產生的DNA短片段
擴增曲線:根據熒光信號相對於循環數而製作的曲線
基線:PCR起始時,熒光信號還未發生變化的幾個循環
Ct(閾值循環):熒光信號超過NTC(無模板對照樣品)固定閾值時的循環數。用於對擴增質量進行驗證。
核酸目標:(也稱為“目標模板”)——需要擴增的DNA或RNA序列
惰性參比染料:一種可作為內部對照,以用於在數據分析時對報告基團染料信號進行均一化的染料。均一化是對因濃度或體積變化而隨之引起波動進行的必要校正。所有的SDSPCR桃子视频官网都提供了參比熒光對照。
Rn(均一化報告基團):報告基團染料釋放的熒光強度除以惰性參比染料釋放的熒光強度
Rn+:一次反應的Rn值包含所有的組分,包括模板
Rn-:未反應樣品的Rn值。Rn值可通過以下方式獲取:
實時熒光定量PCR(qPCR)運行的早期循環(產生可被檢測的熒光信號之前的循環),或不含有任何模板的反應。
ΔRn(deltaRn):在特定PCR條件設置下所產生的信號量級。
ΔRn可通過以下公式計算:(Rn+)–(Rn-)標準品具有已知濃度的A樣本,用於繪製標準曲線。通過使用不同濃度的標準品,您可構建用於未知樣品定量分析的標準曲線。
閾值:早期PCR循環時Rn值的平均標準差,乘以相應的校正係數閾值應當設定在PCR指數擴增時的相關區域。
未知:具有未知模板量的樣品。即,您需要進行檢測的樣品。