原位雜交是以標記的核酸分子為探針，在組織細胞原位檢測特異核酸分子的技術。使含有特異序列、經過標記的核酸單鏈即探針，在適宜條件下與組織細胞中的互補核酸單鏈即靶核酸發生雜交，再以放射自顯影或免疫細胞化學方法對標記探針進行探測，從而在細胞原位顯示特異的DNA或RNA分子。
原位雜交是原位雜交技術大家族中的一員，因其所用探針被熒光物質標記（間接或直接）而得名，該方法在80年代末被發明，現已從實驗室逐步進入臨床診斷領域。基本原理是熒光標記的核酸探針在變性後與已變性的靶核酸在退火溫度下複性；通過熒光顯微鏡觀察熒光信號可在不改變被分析對象（即維持其原位）的前提下對靶核酸進行分析。DNA熒光標記探針是其中常用的一類核酸探針。利用此探針可對組織、細胞或染色體中的DNA進行染色體及基因水平的分析。熒光標記探針不對環境構成汙染，靈敏度能得到保障，可進行多色觀察分析，因而可同時使用多個探針，縮短因單個探針分開使用導致的周期過程和技術障礙。
原位雜交技術有以下幾點優勢：①安全、快速、靈敏度高；②探針能較長時間保存；③多色標記，簡單直觀；④可用於中期染色體及間期細胞的分析；⑤可應用於新鮮、冷凍或石蠟包埋標本以及穿刺物和脫落細胞等多種物質的檢測。
